岩原鲤是长江上游的特有鱼类，主要分布在长江川江段及其支流中，以嘉陵江、岷江和金沙江较多，其模式产地在四川乐山、重庆丰都，也是四川、重庆等地的野生名贵经济鱼类之一。
随着长江上游水利工程建设的增多，岩原鲤迁徙至产卵场的通路被阻隔，加上高强度捕捞，尤其是大规模的电捕和水质污染等，对岩原鲤资源的破坏极为严重且又因岩原鲤本种鱼类生长速度较为缓慢，群体得不到及时补充，野生岩原鲤种群数量锐减，在长江中下游江段及支流水体中基本处于濒临灭绝状态。
《中国濒危动物红皮书》中，在强调岩原鲤经济价值的同时，把它列为易危物种。在2021年最新调整的《国家重点保护野生动物名录》中，岩原鲤野外种群被列为国家二级重点保护野生动物。
为保护岩原鲤物种资源，国家设立了大通江河岩原鲤国家级水产种质资源保护区、嘉陵江岩原鲤中华倒刺鲃国家级水产种质资源保护区、通河特有鱼类国家级水产种质资源保护区等对岩原鲤等特有鱼类进行物种保护。此外，在每年的增殖放流活动中，人工放流一定数量的岩原鲤幼鱼，对岩原鲤的野生种群恢复和维持也有一定的作用。长江十年禁渔计划，更是为岩原鲤等特有物种的休养和种群恢复留下时间和空间。